日本語あれこれ（臭いものに蓋をする）

この言葉、素直に解釈すると「臭い匂いのするものを、何か（容器など）に入れてその匂いが外に出ないように蓋をして匂いを閉じ込める。」という意味合いになります。
がしかし、この言葉（表現）が使われる場合には大体、事柄（物事）の悪いところを世間（時には特定の誰か）に知られないように隠してしまおうというときに使われます。
これは根本的な原因である事柄（臭い匂い）は解決しないで、その場しのぎの状況や状態になるだけで何ら対策にはなりません。従って、いずれかの時期には表面化（明らかに）されることになるのが大方です。
そもそも臭いものに蓋をする時その時点では、「・隠す・上辺を取り繕う・見えなくする・削除する・こっそり処理する・封印する・改ざんする・恫喝する・嘘の説明をする・しどろもどろの説明をする・その他等々」が行われたりするもので何らかの痕跡（態度、話しぶり、発言内容、行動、所作、振る舞いなど多々含む）が見え隠れし大体、周りは気がついているものです。
蓋をしたつもりの臭いものが後々明らかになった場合の後処理は想像を超える事態（状態）になると覚悟すべきです。
ＩＴ坊主のひとりごと「ＩＴ坊主の無駄方便」集より